Οταν έμαθε ο Σουλτάνος για την αποτυχία της εκστρατείας, τόσο του Γιουσούφ Βερκόφτσαλη, εναντίον της Ανατολικής Ελλάδας, όσο και των Μουσταή και Ομέρ, εναντίον της Δυτικής, ανέθεσε στο νέο αρχηγό της Ρούμελης, τον Ιμπραήμ Δερβίς πασά, να υποτάξει την Ελλάδα.

Ο Δερβίς στρατολογησε βιαστικά 30 χιλιάδες στρατό και έφτασε στα μέσα Ιουνίου στο Λιανοκλάδι. Μια δύναμη 10 χιλιάδων Αλβανών υπό τις διαταγές του Βερκόφτσαλη και Αμπαζ πασά, τους έστειλε να περάσουν την Γραβιά, να επιτεθούν στην Αμφισσα κι από κει να εισβάλουν σε Βοιωτία και Αττική...

Η στρατιά αυτή ηττήθηκε στην Αμπλιανη, ανάμεσα σε Γραβιά και Αμφισσα, από τις δυνάμεις του Πανουργιά και αναγκάστηκε να επιστρέψει πάλι στη Θεσσσαλία, χωρίς να μπορέσουν να εισβάλουν σε Βοιωτία και Αττική.

Στο μεταξύ, ο Ομέρ πασάς της Καρύστου, τον οποίο διέταξε ο Δερβίς να εισβάλει στην Αττική, δέχθηκε σφοδρές επιθέσεις από το σώμα του Σκουρτανιώτη, στα στενά του Ωρωπού. Οι Τούρκοι υπέστησαν μεγάλη ήττα και κινδύνεψαν να συντριβούν εντελώς.

Ο Σουλτάνος Μαχμούτ, απογοητευμένος, έπαψε να ελπίζει στις δικές του δυνάμεις και απευθύνθηκε στον Μεχμέτ Αλή της Αιγύπτου, που ήταν φιλόδοξος και με τακτικό στρατό και δυνατό ναυτικό. Εκείνος ανέθεσε την αποστολή στον Ιμπραήμ, ο όποιος εκμεταλεύτηκε τις εσωτερικές διενέξεις των Ελλήνων και αποβιβάστηκε ήσυχα και άνετα  στην Πελοπόνησο. Κατόρθωσε να την καταλάβει ολόκληρη και να καταπνίξει την εκεί επανάσταση, αιχμαλωτίζοτας χιλιάδες τους οποίους πούλησε ως δούλους.

Στη Ρούμελη, αρχιστράτηγος των Τούρκων διορίστηκε ο Ρεσήτ Μεχμέτ πασάς, γνωστός και ως Κιουταχής, ο οποίος εισέβαλε τον Απρίλιο του 1825 στην Ελλάδα. Στις διαταγές του είχε 4 πασάδες  και μεγάλη δύναμη σε πεζικό και ιππικό. Από αυτή τη δύναμη έστρεψε 10 χιλιάδες εναντίον του Μεσολογγίου και 8 χιλιάδες εναντίον της Ανατολικής Ελλάδας, με επικεφαλής τον Αμπαζ πασα.

Οι στερεοελλαδίτες οπλαρχηγοι από την Πελοπόνησο που πολεμούσαν χωρίς αποτέλεσμα τον Ιμπραήμ, έσπευσαν να υπερασπίσουν την ιδιαίτερη πατρίδα τους, με αρχηγό τον Γκούρα.

Τα πράγματα είχαν πάλι αλλάξει και ο Οδυσσέας Ανδρούτσος είχε επικυρηχθεί απο την κεντρική διοίκηση. Βλέποντας ότι και ο Κολοκοτρώνης είχε φυλακιστεί, σκέφτηκε ίσως ότι θα μπορούσε να πάθει κι αυτός τα ίδια και άρχισε διαπραγματεύσεις με τον Ομερ πασά της Καρύστου με αντάλλαγμα το αρματολύκι της Ρούμελης υπό τους Τούρκους.

Συγκρούστηκε σε εμφύλια διαμάχη πολλες φορές με τον Γκούρα στη Χαιρώνεια και τις Λιβανάτες. Αργότερα μετάνιωσε, εγκατέλειψε τους Τούρκους και ενώθηκε με τις δυνάμεις του Γκούρα, ο οποίος του υποσχέθηκε αμνηστία.

Η κυβέρνηση όμως δεν έδωσε ποτέ αμνηστία στον Οδυσσέα και δεν ήθελε πλέον την υποταγή του, αλλά την εκτέλεση του, δίνοντας τη σχετική διαταγή στο Γκούρα, να προχωρήσει άμεσα στη δολοφονία του.

Αν και από τους σύγχρονους του, θεωρήθηκε προδότης οι μεταγενέστεροι δεν είναι της ίδιας γνώμης.

Οταν τον συνέλαβαν σε μοναστήρι του Δομβού, έπειτα από διαταγή του Γκούρα, εκείνος ζήτησε τη βοήθεια των δύο ψυχογιών του , του Σπύρου Πέτρου και του Ιωάννη Καρακούρη, από τους Αγίους Θοεδώρους της Θήβας, για να δραπετεύσει κατά τη μεταφορά του.

Εκείνοι φοβήθηκαν και όχι μόνο δεν έκαναν ό, τι τους είπε αλλά επέστησαν την προσοχή των ανδρών που τον συνόδευαν να δέσουν με χονδρό σχοινί τα πόδια του Οδυσσέα, κάτω από την κοιλιά του αλόγου, γιατί αλλιώς θα δραπέτευε ακόμα  και δεμένος.

Οδηγήθηκε δέσμιος στην Ακρόπολη της Αθήνας και το πρωί της 6ης Ιουνίου, βρέθηκε νεκρός, έξω από το τείχος της.

Στα τέλη Μαίου, εισέβαλε καινούργια τουρκική δύναμη απο τη Λαμία, με ηγέτη τον Τζελαϊντίν μπεη, με 4 χιλιάδες άνδρες. Εκεί ήδη βρίσκονταν 8 χιλιάδες  πεζοί και 2χιλιάδες ιππείς εκτός απο το στρατό της Ευβοιας.

Η είδηση για τη νέα εισβολή , ανάγκασε τους οπλαρχηγούς να αποσυρθούν στα οχυρά μέρη της Θήβας και της Λιβαδειάς, για να αμυνθούν καλύτερα. Παράλληλα αποθράσυνε τους Τούρκους που βρίσκονταν στη Χαλκίδα, οι οποίοι εκμεταλεύτηκαν την ευκαιρία και 600 από αυτούς, έφτασαν μέχρι τη Θήβα, λεηλατώντας τα χωριά της Αυλίδας και της πεδινής Τανάγρας, προχωρώντας μέχρι τα Σκούρτα. Στη συνέχεια σκόπευαν να σκορπήσουν την καταστροφή σε ολόκληρη της Αττική , αλλά οι Βάσσος, Κριεζώτης και Σκουρτανιώτης, κατέλαβαν για άλλη μια φορά το στενό των Ελευθερών (Κάζα) και την Ελευσίνα, αναγκάζοντας τους να καταφύγουν στην Ευβοια.

Αυτή ήταν η κατάσταση στη Βοιωτία, ενώ στην υπόλοιπη Ελλάδα – κυρίως στην Πελοπόνησσο- ήταν απελπιστική.

Η Ελλάδα το 1825 βρισκόταν σε μεγάλο κίνδυνο, από τις ορδές του Ιμπραήμ. Μόνο ένα μέσο σωτηρίας υπήρχε. Η επέμβαση των μεγάλων δυνάμεων. Η Ρωσία ήταν μακριά . Κοντά βρίσκονταν μόνο η Αγγλία που ζητούσε ως αντάλλαγμα για βοήθεια την υποτέλεια της Ελλάδας  και η Γαλλία που ζητούσε  να γίνει βασιλειάς ο δούκας του Νεμούρς.

Το ελληνικό έθνος αποφάσισε να ζητήσει βοήθεια από την Αγγλία, έτσι στις 24 Ιουλίου συντάχθηκε αίτηση την οποία υπέγραφαν μεριοί από τους σημαντικότερους στρατιωτικούς και πολιτικούς παράγοντες της Πελοπονήσου, των νησιών  και της Στερεάς. Μεταξύ αυτών ο Κολοκοτρώνης, ο Μαυροκορδάτος, ο Μιαούλης, οι περισσότεροι μητροπολίτες και χιλιάδες ακόμα διακεκριμένοι πολίτες.

Από την επαρχία της Θήβας  υπέγραψαν οι :

Παίσιος μητροπολίτης, πρωτοσύγγελος Διονύσιος, Πρωτόπαπας Κων/νος, Παπαπαναγιώτης, Χατζη-παπαγιάννης, Παπαχριστόδουλος, Παπαναστάσης από το Πυρί, ο στρατηγός Αθ. Σκουρτανιώτης, Γιάννος Παπά, Γρίβας Κατσικογιάννης αντιστράτηγος,  Νικόλαος Αντωνάδος, Νικόλαος Βρυζάκης, Δράκος Τομαράς, Χατζη Αντώνης, Λάμπρος Οικονόμου, Θωμάς Λουκά Κατσώνης, Βασίλειος Πρωτόπαπας, Τάτσης Καπινιάρης, Παναγιώτης Καπινιάρης, Αναγνώστης Χατζημήτρου, Σιλβέστρος Στεφανάκης, Μανωλάκης Βελισσαρίου, Σπυρίδων Σπυριδόπουλος, Στάμάτης Παναγιώτου Μαρίνης, Πάυλος Χρυσοφού.

Σε επόμενα: 

 Η μάχη στο Μαυρομάτι και το  αγνωστο ολοκαύτωμα του Αθ.Σκουρτανιώτη στην Αγία Σωτήρα.